Edna bricht aus beginnt damit, dass der Hauptcharakter, Edna, in einer Gummizelle aufwacht. Sie hat ihre Erinnerungen komplett verloren und weiß weder, wie sie in die Zelle gelangt ist, noch warum sie in einer Irrenanstalt ist. Ihr einziger Anker zu dem Zeitpunkt ist ihr blauer Stoffhase Harvey, mit dem sie sich unterhalten kann. Außerdem treibt der Dialog mit ihm stellenweise die Handlung voran, u.a. indem Harvey Edna zu Flashbacks verhilft (im Spiel tempomorphen genannt) mit der sie sich an ihre Kindheit erinnert.
Es gelingt ihr, aus der Zelle zu fliehen und ihre Wächter zu überwältigen. Anschließend kann sich Edna relativ frei im Haus bewegen. Im 2. Stock findet sie einen Raum, der sonst nur von Dr. Marcel benutzt wird. Dort ist eine Art Schrein für Alfred, den verlorenen Sohn des Doktors, aufgebaut. Anscheinend ist er schon in einem sehr jungen Alter verstorben. Edna erinnert sich, dass sie in ihrer Jugend zusammen mit diesem Jungen Unterricht gehabt hat. Sie waren direkte Nachbarn und stets verfeindet. Sie merkt, dass es eine Verbindung zwischen ihrem Vater, Dr. Marcel, Alfred und ihr gibt und macht sich auf, dieses Geheimnis zu lüften. Dazu muss sie die Anstalt verlassen und zu dem alten Haus ihres Vaters gelangen.